DAP-Seq
- 高通量
- 無(wú)需抗體
- 靈活可控
- 物種普適性廣
服務(wù)特色
DAP-seq（DNA親和純化測(cè)序）技術(shù)的核心優(yōu)勢(shì)在于其無(wú)需體內(nèi)實(shí)驗(yàn)便可高效解析轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)。它通過(guò)將體外表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子與基因組DNA文庫(kù)共孵育，結(jié)合高通量測(cè)序，直接、全局性地繪制全基因組范圍內(nèi)的蛋白結(jié)合圖譜。該方法繞過(guò)了復(fù)雜的轉(zhuǎn)基因操作，尤其適用于研究難以在體內(nèi)操作的轉(zhuǎn)錄因子，具有通量高、周期短、不受內(nèi)源干擾的顯著優(yōu)勢(shì)，是挖掘基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的有力工具。有力工具。
服務(wù)介紹
DAP-Seq是一種用于鑒定轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的高通量測(cè)序技術(shù)，通過(guò)體外表達(dá)帶有親和標(biāo)簽的轉(zhuǎn)錄因子，與基因組DNA文庫(kù)孵育，使轉(zhuǎn)錄因子特異性結(jié)合DNA片段，再利用親和純化技術(shù)捕獲結(jié)合的DNA，最后通過(guò)高通量測(cè)序確定轉(zhuǎn)錄因子的結(jié)合位點(diǎn)。
服務(wù)優(yōu)勢(shì)
- 無(wú)需抗體/轉(zhuǎn)基因：規(guī)避物種限制，尤其適合非模式植物。
- 高效低成本：體外表達(dá)周期短，通量高。
- 保留表觀印記：可使用天然gDNA（含甲基化等修飾）。
- 靈活可控：可人為添加輔因子，模擬特定生理環(huán)境。
- 與ChIP-seq對(duì)比：DAP-seq適用范圍擴(kuò)展至數(shù)百種缺乏遺傳工具的植物物種。
服務(wù)流程
客戶(hù)提供
樣本量：柔軟組織3g-5g；木本科植物的樹(shù)根、樹(shù)皮、樹(shù)枝等10g-20g；
果實(shí)、種子10g-20g；花序、花蕊、花粉2g-3g。
樣本處理：樣本采集時(shí)如果植物組織表面污漬較多，應(yīng)迅速用預(yù)冷的RNase-free水或75%乙醇擦拭或沖洗干凈，再用吸水紙吸干植物表面殘留液體，液氮速凍，-80℃保存，干冰寄送。
最終交付
- 結(jié)題報(bào)告及原始數(shù)據(jù)
- 測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量評(píng)估，過(guò)濾掉質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量
- Peak?在?TSS?附近的分布
- Peak?在染色體上的分布 Peak?在基因組功能區(qū)的分布
- Peak?相關(guān)基因的?Gene Ontology?富集分析
- Peak?相關(guān)基因的?KEGG?富集分析
- 富集區(qū)間?Motif?分析
服務(wù)說(shuō)明
| 產(chǎn)品 | 測(cè)序數(shù)據(jù)量 | 平臺(tái) |
周期（工作日，提取+測(cè)序分析） |
備注 |
| DAP-seq | 8G | Illumina |
50 |
每組實(shí)驗(yàn)包含兩個(gè)技術(shù)重復(fù)和一個(gè)input |
案例分析
文獻(xiàn)來(lái)源：Yang C, et al. GmMYB4 Positively Regulates Isoflavone Biosynthesis via the GmMAPK6-GmMYB4-MBW Module in Soybean. Plant Biotechnol J. 2025 Oct 25.
MYB 轉(zhuǎn)錄因子 （TF） 是大豆中異黃酮生物合成的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子，但其調(diào)節(jié)功能的確切機(jī)制仍知之甚少，通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)研究和功能表征確定了 GmMYB4 是異黃酮積累的關(guān)鍵正調(diào)節(jié)因子。為了闡明 GmMYB4 介導(dǎo)的調(diào)控的分子機(jī)制，結(jié)合 DAP-seq 和 RNA-seq 數(shù)據(jù)集進(jìn)行綜合分析，確定了1477個(gè)基因作為其潛在的直接靶標(biāo)。KEGG通路富集分析顯示這些基因顯著富集于類(lèi)黃酮生物合成通路，包括編碼查爾酮合成酶、黃烷酮-羥化酶和黃烷醇合成酶的關(guān)鍵基因。證明了GmMYB是作為控制大豆中類(lèi)黃酮和原花青素生物合成和積累的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)因子。
DAP-seq和RNA-seq技術(shù)聯(lián)合對(duì)GmMYB4結(jié)合位點(diǎn)和靶基因進(jìn)行全基因組分析
