全面性
覆蓋基因組中的所有表觀遺傳修飾
高通量
同時分析數以萬計的樣本和數百萬個位點，更高效、更精確的數據分析和解讀。
高靈敏度
采用了最新的測序和分析技術，能夠檢測到非常低水平的表觀遺傳修飾變化。
個性化
個性化的分析和解讀，根據個體的遺傳背景和環境因素，提供更加準確的診斷。
服務簡介
Service Introduction表觀遺傳學是研究基因的核苷酸序列不發生改變的情況下，基因表達可遺傳變化的一門遺傳學分支學科。DNA甲基化(DNA methylation)、組蛋白修飾(histone modification)、基因組印記(genomic imprinting)、RNA編輯(RNA editing)、基因沉默、核仁顯性、休眠轉座子激活和性別相關性基因劑量補償效應等都是典型的表觀遺傳現象。
表觀遺傳調控研究技術分為轉錄前調控研究技術和轉錄后調控研究技術。轉錄前調控研究技術主要包括：ChIP、CUT&Tag 、ATAC-seq、DAP-seq、EMSA、DNA Pull down、酵母單雜交（Y1H）；轉錄后調控研究技術主要包括RIP、RNA Pull down 、雙螢光素酶報告系統等。
金開瑞致力于ChIP、EMSA、DNA/RNA pull down、RIP、雙螢光素酶系統、CUT&Tag 、ATAC-seq、DAP-seq等實驗技術服務。除了提供優質的技術服務外，我們還可以為您提供表觀遺傳學整體項目設計，整體項目實施，整體項目跟蹤服務，金開瑞多年的實驗和項目管理經驗，將助力您表觀遺傳研究。
表觀遺傳，選擇金開瑞，讓您無憂。
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差異表達分析： |
轉錄前調控： |
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目標分子篩選、鑒定、定位等 |
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分子機制研究 |
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功能研究 |
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定位分析： |
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轉錄前調控研究技術
ChIP 染色體免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）是基于體內分析發展起來的方法，也稱結合位點分析法，在過去十年已經成為表觀遺傳信息研究的主要方法。這項技術幫助研究者判斷在細胞核中基因組的某一特定位置會出現何種組蛋白修飾。ChIP 不僅可以檢測體內反式因子與DNA 的動態作用，還可以用來研究組蛋白的各種共價修飾與基因表達的關系。近年來，這種技術得到不斷的發展和完善。采用結合微陣列技術在染色體基因表達調控區域檢查染色體活性，是深入分析癌癥、心血管疾病以及中央神經系統紊亂等疾病的主要通路的一種非常有效的工具。
A. Rapid increase of histone acetylation in silent genes caused by HDAC inhibitor treatment.ChIP assays were performed using H3K9ac and H4K16ac antibodies with chromatin from cells treated in the absence or presence of HDAC inhibitors. The ChIP DNA was analyzed using qPCR.
B. The ChIP-Seq signals for the DIPA gene (active) and FOSL1 gene (silent) were displayed.The signals highlighted in blue are not statistically significant as determined using peak-finding programs.
(Wang Z, Zang C, et al. Genome-wide mapping of HATs and HDACs reveals distinct functions in active and inactive genes [J]. Cell. 2009 Sep 4;138(5):1019-31.)
CUT&Tag（CleavageUnderTargetsandTagmentation），即靶向剪切及轉座酶技術，是?種利?酶錨定技術進行高效、?分辨率的DNA測序?庫構建方法，也是替換傳統的ChIP-Seq?以研究蛋白質-基因組互作關系研究的新?法，屬于新?代超微量ChIPSeq技術。可用于檢測組蛋白、RNApolymeraseII和轉錄因?等具有DNA結合功能的蛋白種類，對表觀遺傳學、腫瘤和干細胞等領域的研究具有重要意義。
A)Heat maps and averaged CUT&Tag signals of H3R17me2a and LEDGF across ±5 kb from the transcription start site (TSS) in A498 cells.
B)Distribution of H3R17me2a and LEDGF enrichment peaks on the genome.
C)Motif analysis of high frequency enrichment of H3R17me2a and LEDGF shows that there is a high degree of co‐enrichment in the genome.
D)There are specific enrichment peaks at the TSS of PPAT, PAICS, GART, ADSL, and ADSS2 in indicated groups, suggesting a potential transcriptional regulatory axis in A498 cells.
(Zhang Y, Zhou Y, et al. LEDGF Binds H3R17me2a Promoting De Novo Nucleotide Biosynthesis in SETD2 Mutant Clear Cell Renal Cell Carcinoma. Adv Sci (Weinh). 2025 Sep;12(35):e16809.)
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing）是通過高活性的 Tn5 轉座酶將測序接頭插入染色質的開放區域，然后根據測序數據來推斷染色質區域的可及性，并計算轉錄因子結合位點和核小體的區域位置。目前該技術已廣泛應用于發育生物學、疾病研究（如癌癥異質性）和藥物靶點篩選等領域。
A：Representative ATAC-seq peaks of inflammation-related genes in control basal cells (BC CTL), control luminal cells (LC CTL), and PTEN-deficient basal cells (BC PTEN). Cells were isolated by FACS from K5-PTEN mice treated with tamoxifen (TAM) for 6 weeks.
B：Transcription factor (TF) motif enrichment analysis of peaks upregulated in BC PTEN vs BC CTL.
(Jiang C, Song Y, et al. Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation. Nat Cancer. 2025 Sep;6(9):1537-1558. )
DAP-Seq即DNA親和純化測序，該技術通過體外表達轉錄因子鑒定轉錄因子結合位點（Transcription factor binding site，TFBS），不受抗體和物種限制，且具有高通量的優勢，目前已被廣泛應用于轉錄調控和表觀組學的研究。
(A) Distribution of MpRR-MYB2 and MpRR-MYB5 binding across the M. polymorpha genome. Venn diagram shows overlap between MpRR-MYB2 and MpRR-MYB5 binding sites and misregulated genes in Mprr-myb5,2 mutants.
(B) Motif sequence logos for MpRR-MYB2, MpRR-MYB5, and MpGLK31 identified by DAP-seq and ChIP-seq, respectively.
(Frangedakis E, Yelina NE, et al. MYB-related transcription factors control chloroplast biogenesis. Cell. 2024 Sep 5;187(18):4859-4876.e22.)
凝膠遷移或電泳遷移率檢測（Electrophoretic Mobility Shift Assay，EMSA）是一種檢測蛋白質和DNA 序列相互結合的技術，可用于定性和定量分析。根據實驗設計特異性和非特異性探針，當核酸探針與樣本蛋白混合孵育時，樣本中可以與核酸探針結合的蛋白質與探針形成蛋白-探針復合物。這種復合物由于分子量大，在進行聚丙烯酰胺凝膠電泳時遷移較慢，而沒有結合蛋白的探針則較快。孵育的樣本在進行聚丙烯酰胺凝膠電泳并轉膜后，蛋白-探針復合物會在膜靠前的位置形成一條帶，說明有蛋白與目標探針發生互作。目前已用于研究RNA 結合蛋白和特定的RNA 序列的相互作用，是轉錄因子研究的經典方法。
金開瑞提供EMSA 檢測技術服務，幫助您檢測DNA 結合蛋白、RNA 結合蛋白、特定的蛋白質，并可進行未知蛋白的鑒定。
The EMSA results of binding of AlgR to the rsmX/Y/Z promoter sequence.
(Li M, Yan J, Yan Y. The Pseudomonas transcriptional regulator AlgR controls LipA expression via the noncoding RNA RsmZ in Pseudomonas protegens Pf-5 [J]. Biochem Biophys Res Commun. 2017 May 20;487(1):173-180.)
DNA pull down是用于分析蛋白質與DNA互作的一種分析技術。一般來說，該實驗首先需要針對待研究目的基因的調控區域設計并制備特異性探針（以脫硫生物素標記為主流）。同時，制備細胞核提取物；將探針和核提取物共同孵育，DNA 結合蛋白就會和靶向序列特異性結合。然后，通過親和素磁珠純化蛋白質DNA 復合物。最后針對獲得的蛋白，使用WB 驗證或者質譜方式鑒定蛋白質類型。
Examples of the liquid chemiluminescent DNA pull-down assay. (A–C) Light emission was measured from the liquid chemiluminescent DNA pull-down assay to indicate binding. The histograms indicate relative light emission. Data are shown as means ± x001D. (A) Effect of polychlorinated biphenyl (PCB) on thyroid hormone receptor β1 (TRβ1)-thyroid hormone response element (TRE) binding. Glutathione S-transferase (GST)-TRβ1 was incubated with digoxigenin (DIG)-labeled TRE with or without T3 and/or PCB. (B) Effect of PCB on steroid receptor coactivator-1 (SRC-1)-TRβ1-TRE binding. GST-SRC-1 was incubated with in vitro-translated TRβ1 and retinoid X receptor (RXR), then SRC-1-TRβ1/RXR complex was incubated with DIG-labeled TRE with or without T3 and/or PCB for 1 h at room temperature. (C) Effect of tamoxifen on silent mediator for retinoid and thyroid hormone (SMRT)-estrogen receptor α(ERα )-estrogen response element (ERE) binding. GST-SMRT was incubated with ERα, then SMRT-ERα complex was incubated with DIG-labeled ERE with or without 17β-estradiol (E2) and/or tamoxifen (TAM). After detection reaction, light emission was measured to indicate binding as described above. Data are shown as means ±SEM.
(Iwasaki T, Miyazaki W, et al. Liquid chemiluminescent DNA pull-down assay to measure nuclear receptor-DNA binding in solution [J]. Biotechniques. 2008 Oct;45(4):445-8.)
將提取的樣品RNA 逆轉錄成單鏈cDNA，經長距離聚合酶鏈反應擴增得到雙鏈cDNA，再經CHROMA SPIN TE-400 柱子純化后與酵母表達載體pGADT7-Rec 線性質粒共轉至Y1HGold [pBait-AbAi] 酵母感受態，經SD/-Leu/AbA 缺陷培養基篩選出與誘餌序列相互作用的獵物蛋白。
Description of the Y1H screens approach conducted with Zat12 promoter segments as baits.
(Ben Daniel BH, Cattan E, et al. Identification of novel transcriptional regulators of Zat12 using comprehensive yeast one-hybrid screens [J]. Physiol Plant. 2016 Aug;157(4):422-41.)
轉錄后調控研究技術
RIP 技術（RNA Binding Protein Immunoprecipitation Assay，RNA 結合蛋白免疫沉淀）主要是運用針對目標蛋白的抗體把相應的RNA-蛋白復合物沉淀下來，然后經過分離純化就可以對結合在復合物上的RNA 進行q-PCR 驗證或者測序分析。RIP 是研究細胞內RNA 與蛋白結合情況的技術，是了解轉錄后調控網絡動態過程的有力工具，可以幫助我們發現miRNA 的調節靶點。
根據客戶需求，金開瑞可以提供RNA/蛋白、RNA/RNA 互作驗證RIP 技術服務。
● 使用目的蛋白尋找驗證RNA（蛋白/RNA互作）：
圖. AP-1蛋白與RNA的相互作用RIP
● 使用目的lncRNA尋找驗證miRNA（RNA/RNA互作）：
圖. MS2- RIP實驗原理圖（表達Lnc-A的質粒富集miRNA1miRNA2的效率比不表達Lnc-A的MS2組明顯提高。通過對照，說明MS2-A可以與miRNA1和miRNA2相互結合）
使用體外轉錄法標記生物素RNA 探針，然后與胞漿蛋白提取液孵育，形成RNA-蛋白質復合物。該復合物可與鏈霉親和素標記的磁珠結合，從而與孵育液中的其他成分分離。復合物洗脫后，通過WB 實驗檢測特定的RNA 結合蛋白是否與RNA 相互作用。蛋白質與RNA 的相互作用是許多細胞功能的核心，如蛋白質合成、mRNA 組裝、病毒復制、細胞發育調控等。若待檢測目的蛋白明確，選擇WB 鑒定；若不明確，則可選擇質譜鑒定。
金開瑞現提供RNA pull down 檢測技術服務，使用特異性二抗進行檢測，能有效避免抗體重鏈對結果的信號干擾，配套先進的質譜儀，能顯著提升檢測效果。
圖. pull down下來的蛋白銀染圖。根據膠上條帶的差異情況和實驗目的，選擇質譜或者WB鑒定pull down下來的蛋白
圖. SDS-PAGE電泳后質譜鑒定
雙螢光素酶報告基因用于實驗系統中作相關的或成比例的檢測，通常一個報告基因作為內對照，使另一個報告基因的檢測均一化。檢測基因表達時雙報告基因通常用來瞬時轉染培養細胞，帶有實驗報告基因的載體共轉染帶有不同的報告基因作為對照的第二個載體。通常實驗報告基因偶聯到調控的啟動子，研究調控基因的結構和生理基礎。報告基因表達活力的相對改變與偶聯調控啟動子轉錄活力的改變相關，偶聯到組成型啟動子的第二個報告基因，提供轉錄活力的內對照，使測試不被實驗條件變化所干擾。通過這種方法, 可減少內在的變化因素所削弱的實驗準確性, 如培養細胞的數目和活力的差別, 細胞轉染和裂解的效率。理想的雙報告基因方法應該使用戶能夠以螢火蟲螢光素酶所具有的速度，靈敏和線性范圍對同一樣品中的兩個報告基因同時測定。
金開瑞應用Promega 公司的雙螢光素酶報告基因檢測（DLR）系統，提供DLR 檢測服務。
圖. 雙螢光素酶和RIP驗證lncRNA可以與miR-26a結合
（C Cao, Zhang T, Zhang D, et al.The long non-coding RNA, SNHG6-003, functions as a competing endogenous RNA to promote the progression of hepatocellular carcinoma [J]. Oncogene. 2017 Feb 23;36(8):1112-1122. ）
