通常是≥10ng。隨著目前建庫技術的不斷完善，低至5ng的DNA量也能被建庫成功；少數測序公司為了降低自身風險提出20ng的要求，通過可以協商降低該送樣要求。尤其是一些轉錄因子，最終能夠捕獲的DNA量會很低。

如果ChIP下來的DNA樣品量非常少，在樣品制備過程中通常需要經過一步PCR擴增的過程，PCR擴增主要是為了獲得足夠上機反應的DNA量。如果客戶能夠提供足夠量的DNA樣品，那就不需要再進行PCR擴增。由于是線性擴增，擴增前后的結果很相似，基本上不會影響測序結果。抗體的質量，特異性，ChIP的實驗操作，實驗設計方法，DNA片段長度范圍，測序通量和質量等都會影響ChIP-Seq的結果。

（1）染色質開放程度的不均一性、DNA打碎方法、PCR擴增偏向性、基因組的重復程度以及測序和序列比對過程中的錯誤都會引入系統誤差造成假陽性，測序后首先將序列比對到已知基因組上并確立真正的結合位點。 （2）對于轉錄因子，要尋找“峰”對應的下游調控基因（靶基因），或者構建轉錄因子結合位點的保守結合序列，如果轉錄因子的motif是已知的，則可以計算“峰”序列中包含motif序列的百分比，間接估計實驗結果的可靠性。

適用于常規哺乳動物細胞的蛋白質-DNA互作研究，酵母、植物等細胞可以經過特殊的處理(破除細胞壁或者提取細胞核)來進行實驗。分析的時候應該保證該物種有參考基因組，且注釋完整，如果需要聯合分析，應保證組學基因組和樣本命名一致。而細菌樣本不適合做CUT&Tag，因為有一層細胞壁，不能直接與Con A beads結合，且細菌沒有完整的核結構，因此無法開展此項實驗。

CUT&Tag能在異染色質區域檢測到組蛋白修飾和結合蛋白，常用于研究異染色質相關的組蛋白修飾，如H3K27me3和H3K9me3。除此之外，它對低豐度轉錄因子的檢測效果優于ChIP-seq，所需細胞量更少，即使這些因子在基因組中的結合位點較少也能精確識別轉錄因子的結合位點。

ATAC-seq能夠捕獲所有的開放染色質區域，而不僅僅是那些與特定因子結合的區域，它能夠尋找樣本內的表觀遺傳變化。對于具有已知序列結合基序的蛋白質，可以逐個細胞地識別在開放染色質中富集到哪些基序。

冷凍細胞：需解凍后立即裂解，分離細胞核（凍存可能導致核膜損傷，需優化裂解時間）。 組織樣本：需機械/酶解離后過濾去除碎片，通過蔗糖梯度離心純化細胞核。