多年的研究經(jīng)驗(yàn) 針對(duì)不同類型的非編碼RNA提供全方位的研究服務(wù)
先進(jìn)的技術(shù)平臺(tái) 為非編碼RNA的研究提供全面的技術(shù)支持
嚴(yán)格的質(zhì)量控制 研究過(guò)程中采取了嚴(yán)格的質(zhì)量控制措施
個(gè)性化的研究方案 根據(jù)客戶的需求和研究對(duì)象的特點(diǎn)，提供個(gè)性化的非編碼RNA研究方案
服務(wù)簡(jiǎn)介
Service Introduction非編碼RNA（Non-coding RNA）是指不編碼蛋白質(zhì)的RNA。 其中包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA 和microRNA等多種已知功能的RNA，還包括未知功能的RNA。這些RNA的共同特點(diǎn)是都能從基因組上轉(zhuǎn)錄而來(lái)，但是不翻譯成蛋白，在RNA 水平上就能行使各自的生物學(xué)功能。非編碼RNA從長(zhǎng)度上來(lái)劃分可以分為3類：小于50 nt， 包括microRNA、siRNA、 piRNA； 50 nt到500 nt， 包括rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、SLRNA、SRPRNA 等等； 大于500 nt，包括長(zhǎng)的 mRNA-like的非編碼RNA，長(zhǎng)的不帶polyA 尾巴的非編碼RNA等等。
長(zhǎng)鏈非編碼RNA（long noncoding RNA，lncRNA）是一類長(zhǎng)度＞200bp的RNA，由RNA聚合酶Ⅱ轉(zhuǎn)錄，lncRNA具有保守的二級(jí)結(jié)構(gòu),大部分不編碼蛋白質(zhì)，也有報(bào)道，其可以編碼多肽，多肽大部分無(wú)功能。LncRNA來(lái)源很廣，可以來(lái)源于基因編碼區(qū)、非編碼區(qū)、外顯子、內(nèi)含子、正義鏈或反義鏈。LncRNA發(fā)揮功能的方式很廣，可以與蛋白、DNA和RNA相互作用，參與多種生物學(xué)過(guò)程的調(diào)控。主要包括基因組表觀遺傳修飾、調(diào)控轉(zhuǎn)錄后翻譯、發(fā)揮ceRNA、增強(qiáng)子RNA作用等，從而對(duì)細(xì)胞的增殖、分化、遷移、凋亡、免疫等發(fā)揮調(diào)控作用。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，越來(lái)越多的lncRNA被注釋，但是絕大多數(shù)的lncRNA的功能仍然不清楚，因此lncRNA的研究是一片非常廣闊的未知領(lǐng)域，具有極大的科研價(jià)值和意義。
金開(kāi)瑞提供的非編碼RNA服務(wù)包括
研究方案
以下以lncRNA為例，對(duì)非編碼RNA研究進(jìn)行介紹
圖1. LncRNA 差異表達(dá)聚類結(jié)果及差異表達(dá)火山圖
采用RT-PCR或者qRT-PCR檢測(cè)lncRNA/miRNA在不同組織和細(xì)胞中的表達(dá)水平。
圖2. PVT1和 miRNA在宮頸癌組織中的表達(dá)
(Iden, M.et al.The lncRNA PVT1 Contributes to the Cervical Cancer Phenotype and Associates with Poor Patient Prognosis.PloS one.2016.May 27;11(5))
采用對(duì)肝癌細(xì)胞（如hepG2、hep3b、huh7）STR位點(diǎn)和Amelogenin位點(diǎn)的基因分型技術(shù)，進(jìn)行細(xì)胞鑒定。
| Marker | 細(xì)胞庫(kù)信息 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| Allele1 | Allele2 | Allele3 | Allele1 | Allele2 | Allele3 | |
| D5s818 | 13 | 13 | 13 | 13 | ||
| D13s317 | 10 | 11 | 12 | 14 | ||
| D7s820 | 10 | 11 | 12 | 14 | ||
| D16s539 | 10 | 10 | 10 | 10 | ||
| VWA | 16 | 18 | 17 | 17 | ||
| TH01 | 7 | 7 | 6 | 7 | ||
| AMEL | X | X | X | X | ||
| TPOX | 8 | 11 | 9 | 9 | ||
| CSF1PO | 11 | 11 | 8 | 8 | ||
| D21S11 | 30 | 30 | ||||
圖3. 基因過(guò)表達(dá)/敲除后單克隆細(xì)胞株的篩選
圖4. CRISPR/Cas9和慢病毒穩(wěn)定細(xì)胞系
圖5. 轉(zhuǎn)染TP53TG1 減少了細(xì)胞的活力
(Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
圖6. HCT-116 cells 穩(wěn)定轉(zhuǎn)染TP53TG1 24小時(shí)后檢測(cè)細(xì)胞的凋亡率
(Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
圖7. TP53TG1 抑制了HCT-116細(xì)胞的克隆形成
(Diaz-Lagares A, et al.Epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding RNA TP53 target 1 in human cancer. Proc Natl Acad Sci U S A. 2016 Nov 22;113(47):E7535-E7544.)
圖8. 傷痕愈合實(shí)驗(yàn)檢測(cè) VIM 敲低和過(guò)表達(dá)對(duì)細(xì)胞侵襲力的影響
(Peng Zheng,Quantitative Proteomics Analysis Reveals Novel Insights into Mechanisms of Action of Long Non-coding RNA HOTAIR in Hela Cells.MCP. 2015.)
圖9. 與siCONT細(xì)胞相比，siPVT1細(xì)胞侵襲力明顯降低
(Iden, M.et al.The lncRNA PVT1 Contributes to the Cervical Cancer Phenotype and Associates with Poor Patient rognosis.PloS one.2016.May 27;11(5))
圖10. 用不同濃度的EW-7197 (0.25, 0.5, 1.25 and 2.5 μM) 處理A549-CUG2 and BEAS-CUG2 細(xì)胞24 h。免疫印跡檢測(cè) CUG2, E-cadherin, N-cadherin, and vimentin 的表達(dá)
(Kaowinn S, Kim J, Lee J, Shin DH, et, al. Cancer upregulated gene 2 induces epithelial-mesenchymal transition of human lung cancer cells via TGF-β signaling. Oncotarget. 2016 Dec 10.)
應(yīng)用蛋白質(zhì)組學(xué)iTRAQ（SILAC,SWATH）定量方法和生物信息學(xué)找到lncRNA/miRNA調(diào)控的靶標(biāo)。
圖11. 蛋白質(zhì)組學(xué)ITRAQ/SWATH 和差異蛋白通路分析
圖12. 目的lncRNA在細(xì)胞中的位置分布（18S和U6為內(nèi)參）
圖13. RNA pull down后質(zhì)譜鑒定、WB檢測(cè)
圖14. AP-1蛋白與RNA的相互作用RIP
圖15. MS2-RIP實(shí)驗(yàn)原理圖（表達(dá)Lnc-A的質(zhì)粒富集miRNA1miRNA2的效率比不表達(dá)Lnc-A的MS2組明顯提高。通過(guò)對(duì)照，說(shuō)明MS2-A可以與miRNA1和miRNA2相互結(jié)合）。
● 生物信息學(xué)預(yù)測(cè)分析
圖16. 利用生物信息學(xué)方法預(yù)測(cè)lncRNA與miRNA的結(jié)合位點(diǎn)
● 生物信息學(xué)預(yù)測(cè)分析
圖17. 雙熒光素酶和RIP驗(yàn)證lncRNA可以與miR-26a結(jié)合
（C Cao, Zhang T, Zhang D, et al.The long non-coding RNA, SNHG6-003, functions as a competing endogenous RNA to promote the progression of hepatocellular carcinoma. Oncogene. 2017 Feb 23;36(8):1112-1122. ）
圖18. 肝癌裸鼠成瘤模型，通過(guò)活體成像和測(cè)量觀察不同處理小鼠腫瘤的生長(zhǎng)、轉(zhuǎn)移情況
（C Cao, Zhang T, Zhang D, et al.The long non-coding RNA, SNHG6-003, functions as a competing endogenous RNA to promote the progression of hepatocellular carcinoma. Oncogene. 2017 Feb 23;36(8):1112-1122. ）
圖19. 腺病毒注射小鼠尾靜脈后，隔一段時(shí)間通過(guò)肺組織切片觀察某基因?qū)Ψ蔚挠绊?/p>
